CITIS : congé invalidité temporaire imputable au service

CITIS : congé invalidité temporaire — vos droits en cas d'accident ou maladie grave

Créé par la loi n° 2019-828 du 6 août 2019 de transformation de la fonction publique, le Congé pour Invalidité Temporaire Imputable au Service (CITIS) concerne chaque année plusieurs dizaines de milliers de fonctionnaires victimes d'un accident de service, d'un accident de trajet ou d'une maladie professionnelle (DGAFP, rapport annuel sur l'état de la fonction publique, 2023). Ce dispositif a remplacé l'ancien régime du congé de maladie ordinaire imputable au service, qui s'appliquait différemment selon les trois versants, en unifiant et en clarifiant les droits des agents publics titulaires.

Qui peut en bénéficier ? Pendant combien de temps et avec quelle rémunération ? Quelles démarches accomplir pour ne pas perdre ses droits ? Cet article répond à chacune de ces questions, en distinguant les règles communes aux trois versants de la fonction publique des spécificités propres à chaque filière.

Sommaire

1. Qu'est-ce que le CITIS : définition et fondements juridiques
2. Qui peut bénéficier du CITIS
3. Les trois cas d'ouverture du CITIS
4. Rémunération pendant le CITIS
5. Durée du CITIS et rechutes
6. Procédure et délais à respecter
7. Le rôle des instances médicales
8. Après le CITIS : reprise, temps partiel thérapeutique et reclassement
9. Questions fréquentes sur le CITIS
10. Ce que le CITIS change concrètement pour les agents

Qu'est-ce que le CITIS : définition et fondements juridiques

Définition synthétique — Le CITIS est un congé statutaire accordé au fonctionnaire titulaire dont l'incapacité temporaire de travail résulte d'un accident de service, d'un accident de trajet ou d'une maladie professionnelle reconnue imputable au service. Il est régi par l'article 21 bis de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires (loi Le Pors), modifié par la loi du 6 août 2019, et par les décrets d'application propres à chaque versant : décret n° 2019-122 du 21 février 2019 pour la Fonction Publique de l'État (FPE), décret n° 2019-301 pour la Fonction Publique Territoriale (FPT) et décret n° 2019-300 pour la Fonction Publique Hospitalière (FPH).

Avant 2019, les règles étaient dispersées dans trois corpus statutaires distincts, avec des inégalités de traitement notables selon le versant d'appartenance. La réforme a posé un socle commun tout en maintenant certaines modalités de gestion propres à chaque employeur public. L'objectif affiché était double : simplifier les procédures pour les agents et sécuriser juridiquement les décisions des employeurs.

Le CITIS se distingue du congé de maladie ordinaire sur un point essentiel : l'imputabilité au service. Ce lien de causalité entre le fait générateur (accident, exposition, geste professionnel) et l'état de santé de l'agent doit être établi et reconnu par l'employeur. C'est cette reconnaissance qui ouvre les droits spécifiques du régime, en particulier la prise en charge intégrale des honoraires médicaux et la conservation du traitement indiciaire.

Qui peut bénéficier du CITIS

Le CITIS est réservé aux fonctionnaires titulaires des trois versants de la fonction publique. Les agents en période de stage peuvent également en bénéficier sous certaines conditions, selon les dispositions propres à leur versant.

En revanche, les contractuels de la fonction publique ne relèvent pas du CITIS. Ils sont couverts par le régime général de la Sécurité sociale pour les accidents du travail et les maladies professionnelles (AT/MP), qui obéit à des règles différentes — notamment en matière de taux d'incapacité permanente partielle et d'indemnisation. Cette distinction est une source fréquente de confusion lors de l'instruction des dossiers RH.

Pour les fonctionnaires à temps partiel, le calcul de la rémunération maintenue pendant le CITIS s'effectue sur la base du traitement à temps plein, conformément au principe de conservation du plein traitement, ce qui constitue un avantage financier par rapport au congé de maladie ordinaire.

Les trois cas d'ouverture du CITIS

Le CITIS peut être accordé dans trois situations distinctes, qui correspondent aux trois formes de risque professionnel reconnus par le statut :

• L'accident de service : événement soudain survenu dans le cadre des fonctions ou à l'occasion de l'exercice de celles-ci, entraînant une lésion corporelle ou psychologique. La matérialité de l'événement doit être établie.
• L'accident de trajet : accident survenu pendant le trajet habituel entre le domicile et le lieu de travail, ou entre le lieu de travail et le lieu de restauration habituel. Les détours non justifiés peuvent remettre en cause la qualification.
• La maladie professionnelle : pathologie contractée dans l'exercice des fonctions et figurant soit dans un tableau de maladie professionnelle, soit reconnue par voie d'expertise médicale lorsqu'elle n'y figure pas mais qu'un lien direct et certain avec le service peut être établi.

Dans chacun de ces cas, la présomption d'imputabilité joue un rôle clé depuis la loi de 2019 : lorsque l'accident survient dans le temps et le lieu de service, l'imputabilité est présumée. C'est à l'administration de rapporter la preuve contraire si elle entend la contester, et non à l'agent de démontrer le lien causal. Ce renversement de la charge de la preuve constitue une avancée importante par rapport à l'ancien régime.

Attention toutefois : la présomption d'imputabilité ne s'applique pas automatiquement aux maladies professionnelles hors tableau. Dans ce cas, l'agent doit apporter des éléments médicaux et factuels démontrant l'exposition et la causalité.

Rémunération pendant le CITIS

C'est l'un des avantages les plus significatifs du CITIS par rapport au congé de maladie ordinaire. Durant toute la période de CITIS, le fonctionnaire perçoit :

• Son traitement indiciaire intégral, sans application du jour de carence et sans dégressivité dans le temps.
• Le supplément familial de traitement (SFT) s'il en bénéficiait avant le congé.
• L'indemnité de résidence, maintenue dans les mêmes conditions.

En revanche, la situation est plus nuancée concernant les primes et indemnités indemnitaires. Le maintien du Régime Indemnitaire tenant compte des Fonctions, des Sujétions, de l'Expertise et de l'Engagement Professionnel (RIFSEEP) ou de toute autre prime n'est pas automatique : il dépend des délibérations ou des arrêtés propres à chaque employeur. Certains employeurs de la FPT maintiennent l'intégralité du régime indemnitaire ; d'autres le suspendent partiellement ou totalement. Il est donc nécessaire de vérifier le régime applicable auprès de son service RH ou de consulter les dispositions de la grille indiciaire fonction publique 2026 pour comprendre la structure de sa rémunération.

Par ailleurs, l'administration prend en charge l'intégralité des frais médicaux directement liés à l'accident ou à la maladie imputable au service : honoraires médicaux, frais pharmaceutiques, frais d'hospitalisation, frais d'appareillage. Cette prise en charge s'effectue sur présentation des justificatifs et ne passe pas par la Sécurité sociale — ce qui implique que l'agent doit identifier ses frais selon leur nature (liés ou non au CITIS) pour en demander le remboursement au bon interlocuteur.

Durée du CITIS et rechutes

Le CITIS n'est pas limité dans le temps par le statut général. Il est accordé pour la durée de l'incapacité temporaire, renouvelable autant que nécessaire, jusqu'à ce que l'une des situations suivantes intervienne :

• La consolidation de l'état de santé, c'est-à-dire la stabilisation de la lésion qui met fin à l'incapacité temporaire.
• La guérison complète, qui permet la reprise des fonctions sans restriction.
• La reconnaissance d'une incapacité permanente, qui ouvre d'autres droits statutaires (allocation temporaire d'invalidité, retraite pour invalidité).

La question des rechutes est fréquente dans la pratique. Une rechute est reconnue lorsqu'une aggravation ou une nouvelle manifestation de la pathologie initiale survient après la consolidation ou la reprise du travail. Dans ce cas, un nouveau CITIS peut être accordé, à condition que le lien entre la rechute et le fait générateur initial soit médicalement établi. L'employeur peut solliciter une expertise médicale pour en apprécier le bien-fondé.

Il est important de noter qu'il n'existe pas de plafond de durée cumulée de CITIS, contrairement aux congés de longue maladie ou de longue durée dont la durée maximale est fixée statutairement. Ce principe protège les agents dont la guérison est longue ou dont les séquelles sont importantes.

Procédure et délais à respecter

Le respect des délais de déclaration conditionne la reconnaissance de l'imputabilité. Les règles sont les suivantes :

• Accident de service ou de trajet : l'agent doit déclarer l'accident à son administration dans un délai de 15 jours à compter de la date de l'accident (sauf cas de force majeure ou impossibilité absolue).
• Maladie professionnelle : la déclaration doit intervenir dans un délai de 2 ans à compter de la date de la première constatation médicale de la maladie ou de la date à laquelle l'agent a été informé par un certificat médical du lien possible entre la maladie et ses activités professionnelles.

La déclaration se fait auprès de l'employeur, qui instruit le dossier. L'agent doit fournir :

• Un certificat médical initial précisant les lésions constatées et leur lien avec l'événement déclaré.
• Tout témoignage ou document établissant la matérialité de l'accident.
• Les arrêts de travail successifs établis par le médecin traitant.

L'administration dispose d'un délai réglementaire pour notifier sa décision de reconnaissance ou de refus d'imputabilité. En cas de refus, l'agent peut contester la décision devant le tribunal administratif compétent. Le silence de l'administration à l'issue du délai vaut refus implicite, ce qui ouvre également la voie du recours contentieux.

Le rôle des instances médicales

Deux instances médicales jouent un rôle central dans l'instruction des dossiers CITIS.

Le comité médical de la fonction publique est consulté lorsque des questions d'aptitude à la reprise se posent, ou lorsque l'administration souhaite obtenir un avis sur la prolongation du congé ou sur les restrictions fonctionnelles. Son intervention est obligatoire dans certaines situations prévues par les textes réglementaires.

La commission de réforme de la fonction publique est, quant à elle, l'instance compétente pour se prononcer sur l'imputabilité au service des accidents et maladies, sur le taux d'incapacité permanente partielle et sur les demandes de reclassement. Sa consultation est obligatoire lorsqu'il y a contestation ou lorsque les textes le prévoient expressément.

Ces deux instances émettent des avis médicaux, mais la décision finale appartient à l'autorité administrative — c'est-à-dire l'employeur public. Cette décision peut être contestée devant les juridictions administratives si l'agent estime qu'elle méconnaît ses droits.

Dans la pratique, les délais d'instruction peuvent être longs (plusieurs semaines à plusieurs mois), ce qui place parfois l'agent dans une situation financière délicate si l'administration applique le régime du congé de maladie ordinaire dans l'attente de la décision. Dans ce cas, une régularisation financière est effectuée rétroactivement une fois la reconnaissance prononcée.

Après le CITIS : reprise, temps partiel thérapeutique et reclassement

La fin du CITIS ne signifie pas nécessairement le retour immédiat aux fonctions à temps plein. Plusieurs dispositifs permettent une reprise progressive ou une adaptation du poste.

Le temps partiel thérapeutique fonctionnaire permet une reprise à mi-temps ou à temps partiel sur avis médical, avec maintien d'une rémunération supérieure à ce que le temps de travail effectif justifierait. Ce dispositif est particulièrement adapté aux agents dont la pathologie nécessite une rééducation progressive ou dont l'état de santé est fragilisé mais ne justifie plus un arrêt total.

Lorsque l'agent ne peut plus exercer ses fonctions initiales en raison de séquelles permanentes, la procédure de reclassement médical fonctionnaire s'engage. Elle vise à maintenir l'agent dans l'emploi public en l'affectant sur un poste compatible avec son état de santé, dans le même corps ou dans un corps d'un autre grade ou cadre d'emplois. Ce processus requiert l'avis de la commission de réforme et suppose que l'employeur identifie des postes adaptés — ce qui n'est pas toujours aisé dans les petites collectivités ou les établissements de petite taille, notamment dans le cadre de l'emploi territorial.

Enfin, lorsque l'incapacité est définitive et que ni le reclassement ni la reprise ne sont possibles, s'ouvre la procédure de mise à la retraite pour invalidité fonctionnaire. Cette procédure débouche sur une pension d'invalidité dont le montant dépend du taux d'incapacité reconnu et de la durée de cotisation, avec des bonifications spécifiques pour les fonctionnaires dont l'invalidité est imputable au service.

Questions fréquentes sur le CITIS

Le CITIS s'applique-t-il aux fonctionnaires stagiaires ?

Les fonctionnaires stagiaires bénéficient d'un régime intermédiaire. Ils peuvent, selon leur versant d'appartenance, bénéficier du CITIS dans des conditions proches de celles des titulaires, mais les modalités varient selon les textes propres à chaque versant. Il est recommandé de vérifier les dispositions applicables auprès de son service RH.

Que se passe-t-il si l'administration refuse de reconnaître l'imputabilité au service ?

En cas de refus, l'agent est placé en congé de maladie ordinaire, avec application du régime moins favorable de ce congé (demi-traitement après 90 jours, day de carence). L'agent peut contester la décision devant la commission de réforme, puis devant le tribunal administratif. Il est conseillé de se faire accompagner par son organisation syndicale ou un conseil juridique spécialisé.

Le CITIS génère-t-il des droits à la retraite ?

Oui. Les périodes de CITIS sont assimilées à des périodes de service effectif pour le calcul de la durée d'assurance et des droits à pension. Elles n'entraînent pas de décote sur la pension.

Un agent en CITIS peut-il exercer une activité rémunérée en parallèle ?

Non. Le CITIS est un congé pour incapacité temporaire de travail. Exercer une activité rémunérée pendant un CITIS constituerait un manquement aux obligations statutaires et pourrait justifier des sanctions disciplinaires, ainsi que le remboursement des sommes perçues.

Le CITIS est-il cumulable avec la prestation d'invalidité ?

Non. Le CITIS correspond à une incapacité temporaire. La pension d'invalidité (retraite pour invalidité) intervient lorsque l'incapacité devient permanente. Les deux dispositifs sont successifs, pas simultanés.

Ce que le CITIS change concrètement pour les agents

Le CITIS représente une protection statutaire substantielle pour les fonctionnaires titulaires victimes d'un accident ou d'une maladie liés à leur service. La conservation du plein traitement sans limitation de durée, la prise en charge des frais médicaux et la présomption d'imputabilité constituent des garanties qui n'existaient pas dans le même périmètre avant 2019. La réforme a également rapproché les régimes des trois versants, même si des disparités demeurent, notamment sur le maintien du régime indemnitaire.

Les agents ont tout intérêt à déclarer rapidement tout accident ou pathologie potentiellement imputable au service, à conserver tous les documents médicaux et factuels, et à ne pas hésiter à solliciter leurs représentants syndicaux ou leur service RH en cas de difficulté d'instruction. La méconnaissance des délais de déclaration reste la première cause de perte de droits dans ce domaine. Pour les agents en recherche de mobilité ou d'un nouveau poste adapté à leur situation de santé, les offres d'emploi public référencées sur JobPublic.fr permettent d'explorer les opportunités dans les trois versants de la fonction publique.

Références : Loi n° 2019-828 du 6 août 2019 de transformation de la fonction publique · Loi n° 83-634 du 13 juillet 1983, article 21 bis (Legifrance) · Décrets n° 2019-122, 2019-300 et 2019-301 du 21 février 2019 (Legifrance) · DGAFP, Rapport annuel sur l'état de la fonction publique 2023 · Circulaire DGAFP du 14 mars 2019 relative aux congés pour invalidité temporaire imputable au service.