Arrêt maladie dans la fonction publique : droits des agents, obligations des employeurs en 2026

En 2026, la gestion des arrêts maladie dans la fonction publique est au cœur de l'agenda législatif : après l'extension du jour de carence aux rechutes introduite par la loi de finances pour 2024, et les débats parlementaires récurrents sur l'alignement du régime des fonctionnaires sur celui des salariés du privé, 5,7 millions d'agents (DGAFP, Rapport annuel sur l'état de la fonction publique, 2023) sont concernés par des règles en constante évolution. Les employeurs publics font face à un taux d'absentéisme maladie qui représente en moyenne 14,5 jours par agent et par an dans la FPT (FNCDG, Observatoire des emplois territoriaux, rapport 2022), générant des coûts de remplacement et des tensions organisationnelles considérables.

Que change concrètement la nouvelle loi sur les arrêts maladie des fonctionnaires en 2026 ? Quels droits les agents conservent-ils et quelles nouvelles obligations pèsent sur les employeurs publics ? Comment mettre en place une politique de prévention et de gestion de l'absentéisme qui respecte le cadre légal tout en protégeant la continuité du service ? Cet article fait le point sur l'ensemble du dispositif applicable en 2026, du congé maladie ordinaire aux congés de longue durée, et propose des leviers pratiques pour les DRH territoriaux, hospitaliers et d'État.

Sommaire

1. Définition et cadre général de l'arrêt maladie dans la fonction publique

2. Les différents types de congés maladie et leurs régimes en 2026

3. Les enjeux de la nouvelle loi arrêt maladie pour les employeurs publics

4. Le cadre réglementaire de l'arrêt maladie dans la fonction publique en 2026

5. Gérer les arrêts maladie efficacement : leviers pratiques pour les employeurs publics

6. Questions fréquentes sur la nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire

1. Définition et cadre général de l'arrêt maladie dans la fonction publique

L'arrêt maladie d'un fonctionnaire est une interruption temporaire de service autorisée par l'administration sur présentation d'un certificat médical, ouvrant droit à un congé statutaire avec maintien total ou partiel du traitement selon la nature et la durée de l'affection. Contrairement au salarié du secteur privé dont l'arrêt de travail relève du contrat de travail et des conventions collectives, le fonctionnaire bénéficie d'un régime entièrement défini par le statut général — plus protecteur sur certains aspects (maintien du traitement plus long) mais aussi plus contraignant sur d'autres (obligation de transmission sous 48 heures, contrôle médical possible à tout moment).

La nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire de 2026 s'inscrit dans une tendance de fond amorcée en 2018 : un rééquilibrage progressif entre le régime public et le régime privé, avec l'introduction puis l'extension du jour de carence, le renforcement des procédures de contrôle médical et la réforme des conditions de maintien de traitement pour les arrêts itératifs. Ces évolutions modifient substantiellement la gestion RH des absences pour maladie, sans toutefois remettre en cause les droits fondamentaux des agents aux congés de longue maladie (CLM) et de longue durée (CLD).

Définition synthétique — L'arrêt maladie d'un fonctionnaire est un congé statutaire accordé par l'administration sur certificat médical, encadré par le CGFP (articles L822-1 à L825-1). En 2026, il comprend le congé maladie ordinaire (CMO, jusqu'à 12 mois), le congé de longue maladie (CLM, jusqu'à 3 ans) et le congé de longue durée (CLD, jusqu'à 5 ans). Un jour de carence s'applique au premier jour de tout CMO depuis la loi de finances pour 2018, étendu aux rechutes dans certaines conditions par la loi de finances pour 2024.

Les principales évolutions législatives récentes

• Loi de finances pour 2018 : réintroduction du jour de carence pour le premier jour de tout congé maladie ordinaire dans les trois versants de la fonction publique, après sa suppression en 2014.

• Loi de finances pour 2024 : extension du jour de carence aux rechutes intervenant dans les 48 heures suivant la reprise du travail ; ces mesures visent à réduire les arrêts courts itératifs.

• Loi n° 2023-1250 du 26 décembre 2023 (LFSS 2024) : alignement partiel des indemnités journalières versées aux fonctionnaires en arrêt maladie sur le régime général pour les agents relevant de l'IRCANTEC ; impact direct sur les agents non titulaires de la FPT.

• Décrets d'application 2025-2026 : précisent les modalités du contrôle médical renforcé, les délais de transmission des arrêts et les sanctions applicables en cas de non-respect des obligations de l'agent.

2. Les différents types de congés maladie et leurs régimes en 2026

La nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire maintient en 2026 la distinction entre trois types de congés maladie, chacun obéissant à des règles différentes de durée, de maintien de traitement et de procédure. Cette architecture à trois niveaux est plus protectrice que le régime privé pour les affections graves et longues, mais plus contraignante pour les absences courtes du fait du jour de carence.

Le congé maladie ordinaire (CMO)

• Durée maximale : 12 mois consécutifs ou non sur une période de 12 mois ; au-delà, l'agent est placé en CLM s'il remplit les conditions ou mis en disponibilité d'office.

• Maintien de traitement : traitement plein pendant les 3 premiers mois, demi-traitement pendant les 9 mois suivants ; le régime indemnitaire (IFSE) peut être maintenu ou suspendu selon la délibération de la collectivité dans la FPT.

• Jour de carence : un jour de carence s'applique au premier jour de chaque CMO ; depuis la loi de finances pour 2024, la rechute intervenant moins de 48 heures après la reprise est assimilée à une prolongation et ne donne pas lieu à nouveau jour de carence.

• Obligations de l'agent : transmission de l'arrêt à l'administration dans les 48 heures suivant la prescription ; indication de l'adresse de présence pendant l'arrêt ; respect des heures de présence obligatoire au domicile (9h-11h et 14h-16h) sauf autorisation médicale de sortie.

Le congé de longue maladie (CLM) et le congé de longue durée (CLD)

• CLM — conditions d'octroi : accordé pour les affections figurant sur une liste fixée par décret (maladies graves nécessitant un traitement prolongé) ; durée maximale de 3 ans ; traitement plein pendant 1 an, demi-traitement pendant 2 ans.

• CLD — conditions d'octroi : réservé aux fonctionnaires atteints d'une des cinq affections définies par décret (tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite, déficit immunitaire grave) ; durée maximale de 5 ans ; traitement plein pendant 3 ans, demi-traitement pendant 2 ans.

• Procédure commune CLM/CLD : instruction par le comité médical départemental ; l'administration ne peut refuser un CLM ou CLD que sur avis motivé du comité médical ; l'agent conserve ses droits à avancement pendant le CLM/CLD.

• Impact de la nouvelle loi 2024 : les conditions d'instruction des dossiers CLM/CLD ont été rationalisées pour réduire les délais, avec un délai de réponse de l'administration ramené à 2 mois à compter de la réception du dossier complet.

L'accident de service et la maladie professionnelle

• Régime dérogatoire : l'accident de service ouvre droit au CITIS (congé pour invalidité temporaire imputable au service) avec maintien du traitement plein sans limitation de durée, sans jour de carence et sans imputation sur les droits à CMO ou CLM.

• Reconnaissance préalable obligatoire : la prise en charge au titre du CITIS suppose une décision préalable de l'administration reconnaissant le lien avec le service ; en l'absence de cette décision, l'arrêt est imputé sur les droits à CMO avec application du jour de carence.

• Enjeu RH 2026 : les demandes de reconnaissance en accident de service pour risques psychosociaux ont augmenté de façon significative dans la FPT depuis 2020 ; les employeurs doivent disposer d'une procédure de traitement documentée pour sécuriser leurs décisions.

Chiffres clés

• 14,5 jours — durée moyenne d'absence pour maladie par agent territorial en 2022, en hausse de 12 % sur cinq ans — source : FNCDG, Observatoire des emplois territoriaux, rapport 2022

• 1 jour — durée du délai de carence applicable au premier jour de tout CMO depuis 2018, reconduit et étendu par la loi de finances pour 2024 — source : loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017, art. 115

• 48 heures — délai maximum dont dispose l'agent pour transmettre son arrêt de travail à l'administration sous peine de réduction de traitement — source : CGFP, art. L822-5

• 3 ans — durée maximale d'un CLM avec maintien d'un an à traitement plein et deux ans à demi-traitement — source : CGFP, art. L822-14

3. Les enjeux de la nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire pour les employeurs publics

La nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire de 2026 place les employeurs publics devant quatre enjeux majeurs : maîtriser les coûts directs et indirects de l'absentéisme, sécuriser juridiquement leurs décisions de contrôle médical, prévenir les arrêts itératifs sans stigmatiser les agents malades et assurer la continuité du service face à des absences parfois imprévisibles et prolongées.

• Coût financier croissant : un jour d'absence d'un agent territorial coûte en moyenne entre 250 et 350 € en charges directes et indirectes (remplacement, heures supplémentaires, perte de productivité) ; avec 14,5 jours de moyenne par agent, l'absentéisme représente un poste de dépense structurel difficile à comprimer sans agir sur les causes.

• Sécurité juridique des contrôles médicaux : le renforcement du cadre du contrôle médical impose aux employeurs de respecter des procédures précises — notamment le délai de 5 jours ouvrés pour déclencher la contre-visite — sous peine de voir leurs décisions annulées par le juge administratif.

• Prévention des risques psychosociaux : la hausse des arrêts pour motif psychologique dans la FPT — documentée par le CNFPT (Observatoire de l'emploi, 2022) — oblige les employeurs à traiter l'absentéisme comme un indicateur de conditions de travail dégradées, et non seulement comme un problème de gestion administrative.

• Continuité du service : les CLM et CLD, qui peuvent durer jusqu'à 5 ans, imposent aux collectivités de trouver des solutions de remplacement durables dans un marché du travail public déjà sous tension.

4. Le cadre réglementaire de l'arrêt maladie des agents publics en 2026

Le cadre réglementaire de la nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire en 2026 repose sur quatre textes principaux : le CGFP pour les droits statutaires communs aux trois versants, la loi de finances pour 2024 pour les évolutions les plus récentes sur le jour de carence, le décret relatif au contrôle médical et la LFSS 2024 pour les agents non titulaires. Leur articulation impose une veille juridique permanente des services RH, les textes d'application étant publiés de manière échelonnée.

1. CGFP, articles L822-1 à L825-1 : définissent les différents types de congés maladie (CMO, CLM, CLD, CITIS), leurs conditions d'attribution, les règles de maintien de traitement et les obligations de l'agent (délai de transmission de 48 heures, heures de présence au domicile, contre-visite médicale) ; tout manquement de l'agent à ces obligations peut entraîner une interruption du maintien de traitement.

2. Loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017 (LFI 2018), art. 115, et loi n° 2023-1322 du 29 décembre 2023 (LFI 2024), art. 77 : instituent et étendent le jour de carence applicable au premier jour de tout CMO ; la LFI 2024 précise les modalités d'application aux rechutes et confie au Parlement un rapport annuel sur l'évolution de l'absentéisme maladie dans la fonction publique.

3. Décret n° 86-442 du 14 mars 1986, modifié en 2022 : organise les procédures de contrôle médical des fonctionnaires, le fonctionnement des comités médicaux départementaux et du comité médical supérieur ; ses modifications de 2022 ont rationalisé les procédures, réduit les délais de réponse et fixé à 5 jours ouvrés le délai de déclenchement de la contre-visite médicale.

4. Loi n° 2023-1250 du 26 décembre 2023 (LFSS 2024), articles 7 et 8 : alignent partiellement les indemnités journalières des agents publics non titulaires relevant du régime général sur celles des salariés du privé, et renforcent les obligations de transmission dématérialisée des arrêts de travail via le téléservice Declare.ameli.fr pour l'ensemble des agents publics.

Point de vigilance : depuis la loi de finances pour 2024, l'employeur public qui souhaite contester un arrêt maladie doit déclencher la contre-visite médicale dans un délai maximal de 5 jours ouvrés suivant la réception de l'arrêt. Passé ce délai, la contestation n'est plus recevable pour cet arrêt et l'employeur ne peut plus suspendre le maintien de traitement, même si la contre-visite ultérieure conclut à l'absence de justification médicale.

5. Gérer les arrêts maladie efficacement : leviers pratiques pour les employeurs publics

5.1 Mettre en place un suivi individualisé des absences dès le premier arrêt

Un suivi rigoureux des arrêts maladie doit commencer dès le premier jour d'absence pour détecter précocement les situations à risque d'évolution vers un CLM ou CLD et préparer les remplacements nécessaires. Les collectivités qui attendent qu'une absence dépasse un seuil critique pour réagir subissent des coûts de remplacement bien plus élevés que celles qui anticipent dès le premier arrêt.

• Paramétrer le SIRH pour générer une alerte automatique dès le troisième arrêt sur 12 mois glissants pour un même agent, seuil associé à un risque accru d'absentéisme structurel.

• Systématiser l'entretien de retour après toute absence supérieure à 3 jours, conduit par le responsable hiérarchique direct pour détecter d'éventuelles difficultés professionnelles sous-jacentes.

• Distinguer dans le SIRH les absences pour CMO, CLM, CLD et CITIS pour produire des tableaux de bord fiables permettant un pilotage différencié par type de congé.

5.2 Sécuriser la procédure de contre-visite médicale

La contre-visite médicale est le principal levier de contrôle de l'employeur public face à un arrêt maladie qu'il estime injustifié. Depuis 2024, ce levier est encadré par un délai strict de 5 jours ouvrés — toute contre-visite déclenchée hors délai est sans effet juridique. L'employeur doit disposer d'une procédure interne formalisée permettant de prendre la décision rapidement, sans attendre une validation hiérarchique qui allongerait inutilement les délais.

• Désigner un référent médical dans le service RH, habilité à déclencher la contre-visite sans délai supplémentaire de validation pour les absences dépassant un seuil défini.

• Tenir à jour une liste de médecins agréés disponibles dans le ressort géographique de la collectivité avec leurs délais d'intervention habituels.

• Documenter la date de réception de l'arrêt et la date de déclenchement de la contre-visite pour justifier le respect du délai de 5 jours en cas de contentieux.

5.3 Agir sur les causes de l'absentéisme plutôt que sur les symptômes

Les trois leviers les plus efficaces pour réduire durablement l'absentéisme maladie dans la FPT sont : croiser les données d'absence avec les résultats du DUERP pour identifier les services à risque, former les encadrants de proximité à la détection des RPS et agir concrètement sur les conditions de travail dégradées identifiées. Les employeurs qui ne traitent l'absentéisme que par le contrôle médical obtiennent des résultats limités et dégradent le climat social — le CNFPT (Observatoire de l'emploi, 2022) documente que les collectivités qui investissent dans la prévention primaire réduisent significativement leur taux d'absence à moyen terme.

• Croiser les données d'absentéisme par service avec les résultats du document unique d'évaluation des risques professionnels (DUERP) pour identifier les corrélations entre conditions de travail et taux d'absence.

• Former les encadrants de proximité à la détection des signaux faibles de risques psychosociaux, première cause documentée de la hausse de l'absentéisme maladie dans la FPT.

5.4 Préparer les remplacements pour assurer la continuité du service

La nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire ne modifie pas l'obligation de continuité du service public. Face à des absences pouvant durer jusqu'à 5 ans (CLD), les employeurs doivent disposer d'une stratégie de remplacement structurée qui ne repose pas uniquement sur le recours urgent aux contractuels, coûteux et difficile dans un marché tendu. Constituer des viviers de remplaçants en amont, avant que l'urgence ne s'impose, est le levier le plus efficace pour absorber les absences prolongées sans déstabiliser les équipes.

• Constituer un vivier de contractuels remplaçants par filière métier, en lien avec France Travail et les CDG, pour réduire les délais de remplacement en cas d'arrêt imprévu.

• Prévoir dans les fiches de poste des agents occupant des fonctions critiques une procédure de délégation activable immédiatement en cas d'absence prolongée.

• Instruire rapidement les dossiers de recrutement de contractuels dès la notification d'un CLM/CLD, sans attendre la confirmation définitive par le comité médical.

6. Questions fréquentes sur la nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire

Qu'est-ce que le jour de carence et s'applique-t-il à tous les arrêts maladie des fonctionnaires en 2026 ?

Le jour de carence est la suppression du maintien de traitement pour le premier jour de tout congé maladie ordinaire (CMO) dans la fonction publique. En 2026, il s'applique à tous les CMO des trois versants, qu'ils soient prescrits par un médecin généraliste ou spécialiste. Il ne s'applique pas aux CLM, CLD et CITIS (accident de service). Depuis la loi de finances pour 2024, la rechute intervenant moins de 48 heures après une reprise de travail est assimilée à une prolongation et ne donne pas lieu à un nouveau jour de carence.

Comment fonctionne la contre-visite médicale pour un fonctionnaire en arrêt maladie ?

La contre-visite médicale est diligentée par l'employeur public auprès d'un médecin agréé, dans un délai de 5 jours ouvrés suivant la réception de l'arrêt maladie. Le médecin se rend au domicile de l'agent aux heures de présence obligatoire (9h-11h et 14h-16h) ou au lieu indiqué sur l'arrêt. Si la contre-visite conclut à l'absence de justification médicale, l'employeur peut suspendre le maintien de traitement à compter du jour de la visite. L'agent peut contester cette décision devant le comité médical départemental.

Quelles sont les différences entre CMO, CLM et CLD dans la fonction publique ?

Le CMO couvre toute maladie pendant 12 mois maximum, avec traitement plein 3 mois puis demi-traitement 9 mois. Le CLM est réservé aux affections figurant sur une liste réglementaire, dure jusqu'à 3 ans (traitement plein 1 an, demi-traitement 2 ans). Le CLD concerne cinq affections spécifiques (tuberculose, cancer, maladie mentale, poliomyélite, déficit immunitaire grave), dure jusqu'à 5 ans (traitement plein 3 ans, demi-traitement 2 ans). CLM et CLD sont accordés sur avis du comité médical départemental ; le CMO est accordé directement par l'administration sur présentation du certificat médical.

Quelle est la procédure si un agent ne respecte pas ses obligations pendant son arrêt maladie ?

Si l'agent ne transmet pas son arrêt dans les 48 heures, l'administration peut interrompre le maintien de traitement pour les jours de retard. Si l'agent est absent lors de la contre-visite médicale sans justification, ou s'il ne respecte pas les heures de présence obligatoire au domicile, l'employeur peut suspendre le maintien de traitement à compter du jour du manquement constaté. Ces sanctions doivent être précédées d'une mise en demeure écrite et documentées pour résister à un éventuel recours devant le tribunal administratif.

Pourquoi l'absentéisme maladie est-il en hausse dans la fonction publique territoriale ?

L'absentéisme maladie dans la FPT est en hausse pour trois raisons principales : dégradation des conditions de travail physiques dans les métiers techniques et sociaux, progression des troubles musculo-squelettiques liée au vieillissement des agents, et augmentation des risques psychosociaux dans un contexte de réorganisation des services. Cette tendance est documentée par le FNCDG (rapport 2022) : 14,5 jours par agent en 2022 contre 12,8 jours en 2017. Le CNFPT (Observatoire de l'emploi, 2022) note que les collectivités qui investissent dans la prévention primaire obtiennent des résultats significatifs sur l'absentéisme à moyen terme, tandis que celles qui misent uniquement sur le contrôle médical n'enrayent pas la tendance.

Conclusion

La nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire en 2026 confirme une évolution structurelle : un encadrement plus strict des arrêts courts via l'extension du jour de carence, un contrôle médical mieux délimité dans le temps et une dématérialisation accrue des procédures. Pour les employeurs publics, ces évolutions rendent la gestion des absences plus exigeante sur le plan procédural. Respecter les délais de contre-visite, documenter chaque décision, distinguer rigoureusement les types de congés et prévenir les risques psychosociaux sont devenus des impératifs de gestion RH, pas des options.

Les collectivités et établissements qui traitent l'absentéisme maladie comme un indicateur de santé organisationnelle — et non comme un simple coût à réduire par le contrôle — sont ceux qui obtiennent des résultats durables sur leurs taux d'absence, préservent le climat social et maintiennent leur attractivité dans un marché du travail public sous tension.

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Références : DGAFP — Rapport annuel sur l'état de la fonction publique, édition 2023 · FNCDG — Observatoire des emplois territoriaux, rapport 2022 · CNFPT — Observatoire de l'emploi, des métiers et des compétences, 2022 · Code général de la fonction publique (CGFP), articles L822-1 à L825-1, en vigueur depuis le 1er mars 2022 · Loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017 de finances pour 2018, article 115 · Loi n° 2023-1322 du 29 décembre 2023 de finances pour 2024, article 77 · Loi n° 2023-1250 du 26 décembre 2023 relative au financement de la Sécurité sociale pour 2024, articles 7 et 8 · Décret n° 86-442 du 14 mars 1986 relatif aux médecins agréés et aux comités médicaux, modifié en 2022.