Arrêt maladie dans la fonction publique : droits des agents, obligations des employeurs en 2026

En 2026, la gestion des arrêts maladie dans la fonction publique s'impose comme un sujet central de l'agenda législatif : après l'extension du jour de carence aux rechutes introduite par la loi de finances pour 2024 et les débats récurrents sur l'alignement du régime des fonctionnaires sur celui des salariés du privé, 5,7 millions d'agents sont directement concernés par des règles en constante évolution (DGAFP, Rapport annuel sur l'état de la fonction publique, 2023). Dans la seule FPT, le taux d'absentéisme maladie atteint en moyenne 14,5 jours par agent et par an (FNCDG, Observatoire des emplois territoriaux, 2022), générant des coûts de remplacement et des tensions organisationnelles qui pèsent sur les budgets et sur les équipes.

Un agent en CLM depuis dix-huit mois : l'administration a-t-elle déclenché la contre-visite dans les 5 jours ouvrés impartis ? Le SIRH distingue-t-il correctement CMO, CLM et CITIS pour produire des tableaux de bord fiables ? La rechute survenue 30 heures après la reprise du travail ouvre-t-elle droit à un nouveau jour de carence ? Cet article répond à chacune de ces questions et présente l'ensemble du dispositif applicable en 2026 — du congé maladie ordinaire aux congés de longue durée —, avec des leviers pratiques pour les DRH des trois versants.

Sommaire

1. Définition et cadre général

2. Types de congés maladie en 2026

3. Enjeux pour les employeurs publics

4. Cadre réglementaire applicable

5. Leviers pratiques de gestion

6. Questions fréquentes

7. Ce qu'il faut retenir

Définition et cadre général de l'arrêt maladie dans la fonction publique

Définition synthétique — L'arrêt maladie d'un fonctionnaire est un congé statutaire accordé par l'administration sur certificat médical, encadré par le CGFP (articles L822-1 à L825-1). En 2026, il comprend le congé maladie ordinaire (CMO, jusqu'à 12 mois), le congé de longue maladie (CLM, jusqu'à 3 ans) et le congé de longue durée (CLD, jusqu'à 5 ans). Un jour de carence s'applique au premier jour de tout CMO depuis la loi de finances pour 2018, étendu aux rechutes dans certaines conditions par la loi de finances pour 2024.

• 14,5 jours — durée moyenne d'absence pour maladie par agent territorial en 2022, en hausse de 12 % sur cinq ans — source : FNCDG, Observatoire des emplois territoriaux, 2022

• 1 jour — délai de carence applicable au premier jour de tout CMO depuis 2018, étendu aux rechutes par la LFI 2024 — source : loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017, art. 115

• 48 heures — délai maximum dont dispose l'agent pour transmettre son arrêt à l'administration sous peine de réduction de traitement — source : CGFP, art. L822-5

• 3 ans — durée maximale d'un CLM, avec maintien d'un an à traitement plein et deux ans à demi-traitement — source : CGFP, art. L822-14

Contrairement au salarié du secteur privé, dont l'arrêt de travail relève du contrat de travail et des conventions collectives, le fonctionnaire bénéficie d'un régime entièrement défini par le statut général. Ce régime est plus protecteur pour les affections graves (maintien de traitement plus long) mais plus contraignant pour les absences courtes (jour de carence, transmission sous 48 heures, contrôle médical possible à tout moment). Pour comprendre l'ensemble des droits agents fonction publique 2026, il est utile de replacer l'arrêt maladie dans l'architecture statutaire globale.

Les principales évolutions législatives récentes

• LFI 2018 : réintroduction du jour de carence pour le premier jour de tout CMO dans les trois versants, après sa suppression en 2014.

• LFI 2024 : extension du jour de carence aux rechutes intervenant dans les 48 heures suivant la reprise ; ces mesures visent à réduire les arrêts courts itératifs.

• LFSS 2024 (loi n° 2023-1250 du 26 décembre 2023) : alignement partiel des indemnités journalières des agents non titulaires relevant de l'IRCANTEC sur le régime général.

• Décrets 2025-2026 : précisent les modalités du contrôle médical renforcé, les délais de transmission et les sanctions applicables en cas de manquement.

Les différents types de congés maladie et leurs régimes en 2026

En 2026, trois types de congés maladie coexistent dans la fonction publique, chacun obéissant à des règles distinctes de durée, de maintien de traitement et de procédure. Cette architecture à trois niveaux est plus protectrice que le régime privé pour les affections graves, mais plus contraignante pour les absences courtes en raison du jour de carence.

Le congé maladie ordinaire (CMO)

• Durée maximale : 12 mois consécutifs ou non sur une période de 12 mois ; au-delà, l'agent est placé en CLM s'il remplit les conditions, ou mis en disponibilité d'office.

• Maintien de traitement : traitement plein pendant les 3 premiers mois, demi-traitement pendant les 9 mois suivants ; le régime indemnitaire (IFSE) peut être maintenu ou suspendu selon la délibération de la collectivité dans la FPT.

• Jour de carence : un jour de carence s'applique au premier jour de chaque CMO ; depuis la LFI 2024, la rechute intervenant moins de 48 heures après la reprise est assimilée à une prolongation et ne donne pas lieu à un nouveau jour de carence.

• Obligations de l'agent : transmission de l'arrêt dans les 48 heures, indication de l'adresse de présence, respect des heures de présence au domicile (9h-11h et 14h-16h) sauf autorisation médicale de sortie.

Ces obligations s'inscrivent dans un ensemble plus large d'obligations fonctionnaire définies par le CGFP, dont le non-respect peut entraîner des sanctions financières immédiates sans procédure disciplinaire préalable.

Le congé de longue maladie (CLM) et le congé de longue durée (CLD)

• CLM : accordé pour les affections figurant sur une liste fixée par décret ; durée maximale de 3 ans ; traitement plein pendant 1 an, demi-traitement pendant 2 ans.

• CLD : réservé aux fonctionnaires atteints d'une des cinq affections définies par décret (tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite, déficit immunitaire grave) ; durée maximale de 5 ans ; traitement plein pendant 3 ans, demi-traitement pendant 2 ans.

• Procédure commune : instruction par le comité médical départemental ; l'administration ne peut refuser un CLM ou CLD que sur avis motivé du comité ; l'agent conserve ses droits à avancement pendant ces congés.

• Impact LFI 2024 : délai de réponse de l'administration ramené à 2 mois à compter de la réception du dossier complet.

L'accident de service et le CITIS

L'accident de service ouvre droit au CITIS (congé pour invalidité temporaire imputable au service) avec maintien du traitement plein sans limitation de durée, sans jour de carence et sans imputation sur les droits à CMO ou CLM. La reconnaissance préalable par l'administration est obligatoire : en son absence, l'arrêt est imputé sur les droits à CMO avec application du jour de carence.

Les demandes de reconnaissance en accident de service pour risques psychosociaux ont augmenté de façon significative dans la FPT depuis 2020. Les employeurs doivent disposer d'une procédure documentée pour sécuriser leurs décisions, d'autant que les devoirs fonctionnaire en matière de signalement et de prévention des risques s'imposent également à l'encadrement.

Les enjeux de la nouvelle loi arrêt maladie pour les employeurs publics

La nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire de 2026 place les employeurs publics devant quatre enjeux majeurs : maîtriser les coûts directs et indirects de l'absentéisme, sécuriser juridiquement leurs décisions de contrôle médical, prévenir les arrêts itératifs sans stigmatiser les agents malades et assurer la continuité du service face à des absences imprévisibles.

• Coût financier : un jour d'absence d'un agent territorial coûte en moyenne entre 250 et 350 € en charges directes et indirectes (remplacement, heures supplémentaires, perte de productivité) ; avec 14,5 jours de moyenne, l'absentéisme constitue un poste structurel difficile à réduire sans agir sur les causes.

• Sécurité juridique : le renforcement du contrôle médical impose de respecter un délai de 5 jours ouvrés pour déclencher la contre-visite, sous peine d'annulation par le juge administratif.

• Prévention des RPS : la hausse des arrêts pour motif psychologique dans la FPT (CNFPT, Observatoire de l'emploi, 2022) oblige les employeurs à traiter l'absentéisme comme un indicateur de conditions de travail dégradées.

• Continuité du service : les CLD, qui peuvent durer jusqu'à 5 ans, imposent de trouver des solutions de remplacement durables dans un marché du travail public déjà sous tension — ce qui conduit fréquemment à recourir à un contractuel fonction publique pour assurer la continuité du service.

Lorsqu'un CLD ou CLM prolongé génère un poste durablement inoccupé, l'employeur doit également maîtriser la definition poste vacant au sens réglementaire pour décider des suites à donner : remplacement par un contractuel, mobilité interne ou création de poste. Cette distinction conditionne les obligations de publication sur les bourses d'emploi territorial.

Le cadre réglementaire de l'arrêt maladie en 2026

Le cadre réglementaire applicable en 2026 repose sur quatre textes principaux dont l'articulation impose une veille juridique permanente des services RH, les décrets d'application étant publiés de manière échelonnée.

1. CGFP, articles L822-1 à L825-1 : définissent les différents types de congés maladie, leurs conditions d'attribution, les règles de maintien de traitement et les obligations de l'agent ; tout manquement peut entraîner une interruption du maintien de traitement.

2. LFI 2018 (art. 115) et LFI 2024 (art. 77) : instituent et étendent le jour de carence ; la LFI 2024 précise les modalités d'application aux rechutes et confie au Parlement un rapport annuel sur l'évolution de l'absentéisme.

3. Décret n° 86-442 du 14 mars 1986, modifié en 2022 : organise les procédures de contrôle médical, le fonctionnement des comités médicaux départementaux et fixe à 5 jours ouvrés le délai de déclenchement de la contre-visite.

4. LFSS 2024, articles 7 et 8 : alignent partiellement les indemnités journalières des agents non titulaires sur le régime général et renforcent les obligations de transmission dématérialisée via Declare.ameli.fr.

Point de vigilance : depuis la LFI 2024, l'employeur qui souhaite contester un arrêt doit déclencher la contre-visite médicale dans les 5 jours ouvrés suivant la réception. Passé ce délai, la contestation n'est plus recevable pour cet arrêt et l'employeur ne peut plus suspendre le maintien de traitement, même si la contre-visite ultérieure conclut à l'absence de justification médicale.

Ces règles s'articulent avec la grille indiciaire fonction publique 2026 : le traitement de référence servant de base au calcul du maintien de traitement (plein ou partiel) est directement issu du traitement indiciaire de l'agent, ce qui rend indispensable une bonne lecture des indices bruts applicables.

Gérer les arrêts maladie efficacement : leviers pratiques

Les employeurs publics disposent de plusieurs leviers pour réduire l'absentéisme et sécuriser la continuité du service. L'efficacité de ces leviers dépend de leur articulation : contrôle médical sans prévention produit des résultats limités ; prévention sans suivi individuel laisse passer des situations critiques.

Suivi individualisé dès le premier arrêt

Un suivi rigoureux doit commencer dès le premier jour d'absence pour détecter précocement les situations à risque d'évolution vers un CLM ou CLD. Les collectivités qui attendent qu'une absence dépasse un seuil critique subissent des coûts de remplacement bien plus élevés que celles qui anticipent.

• Paramétrer le SIRH pour générer une alerte automatique dès le troisième arrêt sur 12 mois glissants pour un même agent.

• Systématiser l'entretien de retour après toute absence supérieure à 3 jours, conduit par le responsable hiérarchique direct.

• Distinguer dans le SIRH les absences pour CMO, CLM, CLD et CITIS pour produire des tableaux de bord fiables par type de congé.

Sécuriser la procédure de contre-visite médicale

La contre-visite médicale est le principal levier de contrôle de l'employeur public. Depuis 2024, elle doit être déclenchée dans les 5 jours ouvrés suivant la réception de l'arrêt — toute contre-visite hors délai est sans effet juridique.

• Désigner un référent médical dans le service RH, habilité à déclencher la contre-visite sans délai supplémentaire de validation.

• Tenir à jour une liste de médecins agréés disponibles dans le ressort géographique, avec leurs délais d'intervention habituels.

• Documenter la date de réception de l'arrêt et la date de déclenchement de la contre-visite pour justifier le respect du délai en cas de contentieux.

Agir sur les causes de l'absentéisme

Les employeurs qui traitent l'absentéisme uniquement par le contrôle médical obtiennent des résultats limités et dégradent le climat social. Le CNFPT (Observatoire de l'emploi, 2022) documente que les collectivités investissant dans la prévention primaire réduisent significativement leur taux d'absence à moyen terme.

• Croiser les données d'absentéisme par service avec les résultats du DUERP pour identifier les corrélations entre conditions de travail et taux d'absence.

• Former les encadrants de proximité à la détection des signaux faibles de risques psychosociaux, première cause documentée de la hausse de l'absentéisme dans la FPT.

Préparer les remplacements en amont

Face à des absences pouvant durer jusqu'à 5 ans (CLD), disposer d'une stratégie de remplacement structurée est indispensable. Constituer des viviers de remplaçants avant que l'urgence ne s'impose est le levier le plus efficace pour absorber les absences prolongées sans déstabiliser les équipes. Comprendre précisément l'emploi vacant définition permet de décider rapidement si le poste doit être publié ou si un remplacement interne suffit.

• Constituer un vivier de contractuels remplaçants par filière métier, en lien avec France Travail et les CDG, pour réduire les délais de remplacement.

• Prévoir dans les fiches de poste des agents occupant des fonctions critiques une procédure de délégation activable immédiatement en cas d'absence prolongée.

• Instruire rapidement les dossiers de recrutement dès la notification d'un CLM/CLD, sans attendre la confirmation définitive par le comité médical.

Questions fréquentes sur l'arrêt maladie dans la fonction publique

Ce qu'il faut retenir

En 2026, la gestion de l'arrêt maladie dans la fonction publique est plus exigeante sur le plan procédural qu'elle ne l'a jamais été : délai de contre-visite à 5 jours ouvrés, extension du jour de carence aux rechutes, dématérialisation obligatoire des arrêts, rationalisation des délais CLM/CLD. Pour les employeurs publics, respecter ces contraintes n'est pas une option : une contre-visite déclenchée hors délai, une décision de suspension de traitement non documentée ou une confusion entre CMO et CITIS expose directement à l'annulation par le juge administratif. La distinction rigoureuse entre les types de congés conditionne également le calcul du traitement maintenu, directement indexé sur la grille indiciaire fonction publique 2026.

Les collectivités et établissements qui traitent l'absentéisme maladie comme un indicateur de santé organisationnelle — et non comme un simple coût à comprimer par le contrôle — obtiennent des résultats durables sur leurs taux d'absence et préservent leur attractivité dans un marché du travail public sous tension. Cette approche suppose d'investir dans la prévention primaire, de former l'encadrement et de structurer des viviers de remplacement en amont des crises. Les données d'absence, croisées avec le DUERP et les indicateurs RPS, constituent la matière première d'une politique RH réellement préventive.

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Références : DGAFP — Rapport annuel sur l'état de la fonction publique, édition 2023 · FNCDG — Observatoire des emplois territoriaux, rapport 2022 · CNFPT — Observatoire de l'emploi, des métiers et des compétences, 2022 · Code général de la fonction publique (CGFP), articles L822-1 à L825-1, en vigueur depuis le 1er mars 2022 · Loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017 de finances pour 2018, article 115 · Loi n° 2023-1322 du 29 décembre 2023 de finances pour 2024, article 77 · Loi n° 2023-1250 du 26 décembre 2023 relative au financement de la Sécurité sociale pour 2024, articles 7 et 8 · Décret n° 86-442 du 14 mars 1986 relatif aux médecins agréés et aux comités médicaux, modifié en 2022.